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南京诺唯赞生物科技有限公司

诺唯赞第三次荣登《Nature》

日期:
2017年10月31日 15:21
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近日,清华大学生命科学学院颉伟研究组在《Nature》以长文形式发表文章《The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos》,报道哺乳动物着床前胚胎染色质动态调控图谱。

这是诺唯赞生物继Phanta® Max 高保真PCR扩增试剂盒和ClonExpress®无缝克隆试剂盒以来第三次荣登Nature,在生命科学基础科研试剂获得国际认可之后,高通量文库构建试剂也获此殊荣,标志着我们孜孜以求的高性能产品品质得到了最好的印证。

此次,清华大学学者使用诺唯赞TruePrepTM DNA Library Prep Kit V2 for Illumina®  (TD502)高通量文库快速构建试剂盒来完成ATAC-seq文库构建,然后进行测序以及数据分析等后续实验操作。诺唯赞TruePrepTM试剂盒采用新型的转座酶法进行DNA片段化,将繁琐的DNA片段化、末端修复和接头连接反应等步骤变为一步简单的酶促反应,显著降低了起始DNA的需求量并缩短了文库构建时间。单个样品的建库时间无需90分钟即可完成,极大地节约了实验时间。同时此款文库扩增专用聚合酶,配以精心优化的反应缓冲,最大程度上保证了文库扩增的高效性和均一性,为测序结果的可靠性提供强有力的支持。

该文章指出,染色体的状态影响了包括基因表达、DNA复制和DNA修复在内的一些基本的细胞过程。实验人员采用改进的ATAC-seq方法结合CRISPR/Cas9辅助线粒体DNA去除技术,绘制出了小鼠着床前胚胎中全基因组易接近染色质图谱。他们发现尽管在DNA甲基化组中呈现广泛的亲代不对称,在主要合子基因组激活(ZGA)后亲代基因组之间的染色体易接近性总体相当。转座元件广泛塑造了早期胚胎中的易接近染色质,且与一些顺式调控序列广泛重叠。

图1

出乎意料地是,研究人员还发现易接近染色体靠近一些活化基因的转录终止位点。通过整合顺式调控元件和单细胞转录组图谱,他们构建出了早期发育的调控网络,帮助确定了一些重要的谱系专向分化调控因子。最后,研究人员发现在主要合子基因组激活之前一些顺式调控元件及相关开放染色质的活性下降。令人惊讶地是,他们观察到在次要合子基因组激活过程中许多位点显示在整个转录单位上有一些非典型的大开放染色质结构域,支持了存在一种不同寻常的松散的染色质状态。

图2.早期胚胎发育中合子基因组激活(ZGA)前后不同时期的染色质状态

 

这些研究数据揭示出了伴随早期哺乳动物发育一种独特的时空染色质结构。

清华大学生命学院颉伟研究员为本文通讯作者,清华大学生命学院PTN项目博士生吴婧怡和北京大学前沿交叉学科研究院CLS项目博士生黄波为本文共同第一作者。合作实验室包括清华大学生命学院杨雪瑞组,医学院那洁组,和新加坡科技研究局,新加坡临床科学研究院的徐丰组。课题得到了清华大学实验动物中心和生物医学测试中心基因测序平台的大力协助和支持。该研究获得了国家重点基础研究发展计划(973计划)、国家自然科学基金委优秀青年基金、中组部青年千人计划基金以及生命科学联合中心的经费支持。