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VAHTS Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI

科学研究试剂

高通量测序文库构建试剂

药物研发试剂

  • cp

    NRM605- 说明书 V21.1.pdf

    大小:
    2021-08-17 14:36:52
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VAHTS Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI

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¥
11800.0
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货号:
NRM605-01/02
数量:
-
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19998
暂时无货
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FAQ
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说明书

VAHTS® Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI

快速、高检出的华大平台RNA建库试剂盒

cp

快速:极简的操作流程,使得转录组建库时间缩短至4.5 h

兼容:针对低质量样本,有更高的建库成功率

高质:基因检出率高,转录本区域的覆盖度均一

cp

1. 不同物种、不同起始量模板

以动物(人体血液、293 T细胞),细菌(大肠杆菌),植物(拟南芥、大豆)Total RNA为模板,根据物种的不同分别选择N406(动物rRNA去除产品),N407(细菌rRNA去除产品),N408(rRNA及珠蛋白mRNA去除产品)和N409(植物rRNA去除产品)进行rRNA去除。随后参照NRM605和A公司同类型产品的建库流程进行链特异性转录组文库构建,结果显示使用Vazyme # NRM605建库相较竞品均具有明显的产量优势。

cp

图1. 不同物种和投入量下NRM605构建的文库产量

 

物种

NRM605峰型

239 T

cp

拟南芥

cp

黄豆

cp

图2. 不同物种在不同投入量下构建的文库峰型

 

2. 兼容低质量样本

以低质量FFPE样本(RIN值为2.3)为起始模板,投入量为200ng,使用VAHTS® Ribo-off rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)(Vazyme,# N406)进行rRNA去除,再分别以NRM605、A、B的建库全组分按照各自的说明书进行操作,进行链特异转录组建库。结果显示:从产量上看,Vazyme# NRM605>A>B,Vazyme# NRM605 具有明显的产量优势。

文库产量

NRM605峰型

cp

cp

图3. 在不同公司产品对低质量样本建库的文库产量

 

3. 基因检出率高

以293T细胞 Total RNA为起始模板,分别使用VAHTS® mRNA Capture Beads(Vazyme,# N401,mRNA抓取模块,Input RNA量分别为1μg/100ng/10ng)和Ribo-off rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)(Vazyme,# N406,rRNA去除模块,Input RNA量分别为1μg/100ng/10ng)进行前处理,随后使用NRM605、A公司及B公司同类产品进行链特异性转录组文库构建,经质控合格后的文库使用lllumina HiSeq X10平台进行PE150测序。对原始测序数据进行低质量读过滤,得到高质量的Clean Reads进行分析。结果显示:Vazyme# NRM605基因检出率优于其他产品。

cp

图4. 各公司产品基因检测数

VAHTS® Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI是针对MGI高通量测序平台定向开发的转录组文库构建专用试剂盒。试剂盒包含两种类型的cDNA二链合成Buffer,可根据需要选择普通转录组或链特异转录组建库。

试剂盒将二链合成、末端修复和dA-Tailing合并为一步,中间不需要纯化步骤,极大的简化了操作流程,缩短了建库时间。优化的反应体系,提高了文库转化效率,能兼容更低起始投入量,对不同起始量的RNA都有均一的覆盖度。

本试剂盒利用磁珠分选的方式,可以快速获得特定长度的文库,能够满足不同实验的个性化需求。试剂盒包含的所有酶和缓冲液都经过了严格的质量控制和功能验证,最大程度上保证了文库构建的稳定性重复性。

cp

cp

 

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-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输。
未找到相应参数组,请于后台属性模板中添加

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  • 如果文库浓度过低,可以从哪些角度去寻找原因并如何改进?

答:以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度都能达到上机测序要求,如果无法提供合格的RNA样品,可尝试使用以下方法弥补:①提高样品起始量;②做几个重复的样品,到片段化步骤合并在一起,或做到文库扩增前合并在一起;③做不分选方案,94℃ 8 min打断条件下RNA片段虽然偏小,但是分布会很集中,均一性也较好。

 

  • rRNA残留较高的问题

答:注意mRNA获取方法的不同,其兼容的起始量有所不同,请选择规格范围内的起始总RNA投入。

① 使用VAHTS mRNA Capture Beads(Vazyme #N401)对mRNA富集兼容起始量为0.01-4 μg;

② 使用Ribo-off rRNA Depletion Kit(Human/Mouse/Rat)(Vazyme #N406)去除rRNA兼容的起始量为0.01- 1 μg;

③ 使用Ribo-off rRNA Depletion Kit(Bacteria)(Vazyme #N407)去除rRNA兼容的起始量为0.01-5 μg;

④ 使用Ribo-off Globin & rRNA Depletion Kit(Human/Mouse/Rat)(Vazyme #N408)兼容的起始量为0.01-1 μg;

⑤ 使用Ribo-off rRNA Depletion Kit(Plant)(Vazyme #N409)去除rRNA兼容的起始量为1-5μg。

  • 本试剂盒是否适合用于Small RNA文库制备?

答:不适用。因为Small RNA的长度仅为22 nt左右,而本试剂盒中磁珠抓取片段最低为100 bp左右,无法有效富集到Small RNA片段。

  • FFPE样本是否可以用该试剂盒建库?

答:FFPE样本中的mRNA会有一定降解,完整度较差,建议与Ribo-off rRNA Depletion Kit(Human/Mouse/ Rat)(Vazyme #N406)试剂盒搭配使用,进行文库构建。

  • 使用说明书方案进行分选,分选插入片段有偏差,为什么?

答:使用磁珠分选过程中,磁珠未平衡至室温、未混匀、移液器不准、枪头挂壁严重等均会致使磁珠加入量与规定值不一致,导致所分选的插入片段差异较大。

  • 文库扩增最高可以使用多少循环?

答:可根据起始量来调整循环数;如果不确定,建议取1 μl进行Qubit检测后酌情再补1 - 2个循环,最多不超过19个循环。

  • 文库进行Agilent 2100 Bioanalyzer质检,发现产生双峰,产生的原因可能有哪些?

答:① RNA有杂质残留,建库过程中发生降解,到文库扩增步骤前的有效模板量低,文库扩增时由于模板不足发生了非特异性扩增。建议将RNA样品在65℃条件下加热15 min,检测是否降解,如果确实为RNA的问题则需要重新提取RNA。

② 物种本身比较特殊,RNA打断后片段不是连续且均一的分布,做分选方案时可能分选到了两个范围的片段。

③ 文库浓度较高时使用高敏芯片检测。建议使用Agilent DNA 1000 Kit检测,或将文库稀释到适当的浓度后用Agilent DNA High Sensitivity DNA Kit检测。

  • 关于在进行Agilent 2100 Bioanalyzer、Qubit及qPCR检测时,高产量文库出现过度扩增的解释。

答:高产量文库通常会出现不同程度的过度扩增现象。因为在文库扩增后期,通常引物被最先耗尽,大量文库片段在无法结合到引物的情况下,片段之间通过不完全匹配关系退火结合,从而形成部分双链+部分单链的杂合链,且片段更大。根据不同检测方式的对应原理,过度扩增产物在Agilent 2100 Bioanalyzer峰型中表现为upper marker之后有轻微翘尾。但以上现象均属正常,不影响文库测序和数据分析。

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