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  • 产品名称: Discover-sc WTA Kit V2
  • 产品编号: N711-01/02/03
    • 产品规格: 12 rxn 24 rxn 96 rxn

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单细胞转录组测序文库构建最佳搭档

Discover-sc WTA Kit V2

 

  • 模板起始量低:单个细胞或10pg Total RNA即可作为起始模板,进行高效扩增
  • 扩增灵敏度使用LNA技术及精心优化的反应体系,大幅度增加了低表达基因的检出量
  • 产物完整性好:通过双端引物扩增全长cDNA,获得全转录组信息,避免了5'和3'偏好性
  • 操作成功率大:大大减少了RNA样品的处理,从而最大限度避免了样品损失的风险,提高了操作成功率
  • 体积兼容性广:样品兼容体积可高达5 μl,兼容不同浓度的模板进行扩增 

模板起始量低,扩增产物cDNA完整性好

10 pg 293T细胞Total RNA用Discover-scTM WTA Kit V2进行扩增,取1 μl cDNA扩增产物用Agilent 2100 Bioanalyzer进行分析。试剂盒以Oligo dT Primer为逆转录引物,并利用Discover-sc Reverse Transcriptase的Template-switching活性在cDNA的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行后续的PCR扩增,获得全长cDNA扩增产物,同时避免了rRNA的污染。

 

 

 

文库质量分析—数据基本指标

Vazyme-1和Vazyme-2是单个293T细胞经过Discover-scTM WTA Kit V2 进行扩增,C-1和C-2是单个293T细胞经过用C公司单细胞转录组试剂盒进行扩增,取1 ng cDNA扩增产物经TruePrepTM DNA Library Prep Kit V2 for Illumina®构建文库。以下均为此文库数据分析。

 

基因表达总体情况分析

Sample

Expression Genes

Min.

Max

Mean

1st Qu.

Median

3st Qu.

Var.

Sum.

Vazyme-1

14807

0.002589318

5293.111

35.207

1.020643

4.717383

20.47274

19523.06

521310.1

Vazyme-2

15138

0.004287681

4613

35.91853

0.954896

4.294688

18.79261

22444.61

543734.7

C-1

14367

0.004498034

4568.409

39.20601

1.070605

4.631338

20.44749

24545.59

563272.8

C-2

15285

0.003861415

4666.078

38.2787

0.887525

4.007046

17.91134

26059.52

585090

Discover-scTM WTA Kit V2试剂盒扩增产物检测灵敏度高,单个293T细胞检测到基因数高达15000个。

 

数据分布均一,无偏好性

左图为Vazyme-1测序片段在基因上的分布结果,右图为C-1测序片段在基因上的分布结果,数据显示Discover-scTM WTA Kit V2扩增很好的保证了基因5’和3’的覆盖。

 

表达重复相关性高

左图为Vazyme-1和Vazyme-2表达重复相关性分析,右图为C-1和C-2表达重复性相关性分析。数据结果表明表达重复相关性高于C公司。

 

      Discover-scTM WTA Kit V2能以1-1000个细胞或10 pg-10 ng总RNA为模板,通过第一链cDNA合成及扩增,获取足够的用于序列分析的样本,从而解决了诸如单细胞等微量样本因RNA含量过低导致的无法使用常规mRNA-seq进行测序分析的技术难题。试剂盒以Oligo dT Primer为逆转录引物进行cDNA合成,并利用Discover-sc Reverse Transcriptase的Template-switching活性在cDNA的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行后续的PCR扩增,获得全长cDNA扩增产物,有效避免了cDNA合成过程中的3’偏好性和rRNA的污染。

      Discover-scTM WTA Kit V2是在Discover-scTM WTA Kit基础上开发的升级版本,其检测灵敏度、体积兼容性均得到了大幅度提升,更加适合低丰度基因及低浓度模板的检测。

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