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基因表达谱测序
 

技术简介   

     基因表达谱测序,利用RNA-seq测序技术,实现对某一物种在特定生物过程中基因表达情况的研究。通过高通量测序技术,一次测序可得到1000万条以上的序列,具有很好的随机性分布,可以准确地定量基因表达,重复性好,无需重复性验证。该产品已经被广泛应用于基础科学研究,医学研究和药物研发等领域。


技术优势


●  通量高:一次测序得到1000万条以上的序列
●  数字化信号:测序直接获得序列,无背景噪音,可鉴别序列间单个碱基差异
●  检测阈值广:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数
●  定量更准确:使用多种统计学方法计算基因表达水平
●  良好的重复性:深度测序保证了抽样的随机性,重复性非常好,无需技术重复
 

产品用途
     基因表达谱测序用来研究基因表达的情况,主要在基因表达量分析、基因表达差异分析,以及差异基因模式和功能聚类等方面应用广泛。
 

 

技术流程
                         

 

信息分析内容
 

标准信息分析

1. 对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理 
2. 测序评估(数据比对统计,测序饱和度分析,测序随机性的统计分析,reads在参考基因上的分布分析) 
3. 基因表达注释
4. 差异表达基因分析(差异表达基因筛选,实验重复性分析,两个或两个以上样品) 
5. 差异基因表达模式聚类分析(需要确定对符合哪些条件的差异表达基因做聚类分析)
6. GO功能显著性富集分析
7. GO功能分类分析(WEGO分析)
8. Pathway显著性富集分析
9. 蛋白互作网络分析(人和小鼠)

个性化信息分析(≥5个样品)

 基因共表达分析

数据量
10M clean reads/样本

 

样本要求
1. 样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品
2. 样品需求量:细胞样品≥1×107个,动物组织≥1g,植物组织≥2g,总RNA≥10 μg
3. 样品浓度:RNA样品≥100 ng/μl
4. 样品纯度:OD260/OD280在1.8-2.2之间,OD260/OD230≥2,28S/18S≥1,动物样品RIN≥7.0,植物样品RIN≥6.5,RNA无明显降解
 

 

项目运转周期
标准流程的运转周期为约35个工作日

 

案例分析
 

基因表达谱测序分析红白果肉苹果的差异基因表达


本研究采用基因表达测序技术对Malus sieversii f.Niedzwetzkyana和M.domestica ‘Fuji’品种红白果肉苹果进行了基因表达差异研究。研究人员找出了114个差异表达基因,其中,红色果肉苹果中有88个基因表达上调,26个基因表达下调(图1)。进一步研究发现,上调表达的基因中有22个基因参与类黄酮的生物合成,68个基因与胁迫反应密切相关。20个上调表达的基因和10个下调表达的基因通过qPCR得到了验证。调控网络分析推测在红色果肉苹果中类黄酮代谢可能与胁迫反应有关(图2)。该研究为果树的类黄酮生物合成和应激反应基因研究,以及高黄铜含量和/或高胁迫耐受的苹果育种提供了理论依据。

 

                       

 图1:红白果肉苹果差异表达基因

 

 

                                                  

                              图2:差异表达基因的GO分析

 

参考文献

Wang N, Zheng Y, Duan N, et al. Comparative Transcriptomes Analysis of Red- and White-Fleshed Apples in an F1 Population of Malus sieversii f. niedzwetzkyana Crossed with M. domestica 'Fuji'. PLoS One. 2015 Jul 24;10(7)

 

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