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ChIP-seq
 
技术简介
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipition, ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,与第二代测序技术相结合,ChIP Sequencing(ChIP-seq)可以在全基因组范围内对蛋白的结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,广泛应用于组蛋白修饰,特定转录因子的基因调控作用研究等相关领域,为差异化表观遗传变异的原理揭示提供了重要的解决思路。
 
 
技术优势
●  高灵敏度:数字化的测序数据提供精确识别的低丰度的ChIP序列及数量信息。
●  可靠性高:比ChIP-Chip具有更低的背景,无交叉杂交非特异性。
●  性价比高:基于抗体富集目标区域,有效降低测序数据量
●  检测范围广:可在全基因组范围内鉴定转录因子/组蛋白的结合位点
●  更低的样本起始量:仅需10ng(单次)以上免疫沉淀后的DNA
 
 
技术流程
 
                 
 
 
信息分析内容
 
标准信息分析
1. 去接头污染,去低质量reads和产量情况统计
2. ChIP测序序列与参考基因组序列的比对
3. ChIP测序唯一reads在全基因组的分布
4. 统计ChIP测序数据富集区域(Peak)的信息
5. Peak相关基因筛选与GO功能聚类分析、Pathway分析
6. 多个样品间的定量差异分析
7. UCSC genome browser使用说明
 
 
 
 
样本要求
1.样品类型:ChIP-ed DNA样品
2.样品需求量:≥10ng(单次),请尽可能提供两次以上的用量,以确保实验质量及重复性;若单次ChIP后DNA量不够,建议将2~3次ChIP的DNA合并在一起
3.样品浓度:≥1ng/ul
4.样品纯度:OD260/OD280=1.8-2.0
5.DNA片段大小:分布在100-500 bp,主峰分布在200-300bp。请提供DNA打断后的检测胶图以确定DNA片段大小是否符合要求,并提供ChIP后的q-PCR验证结果。
 
 
推荐数据量
20M clean reads /样本
 
 
 
项目运转周期
标准流程的运转周期为约30个工作日
 
 
案例分析
 
ChIP-seq揭示番茄ASR1干旱胁迫转录因子作用目标为细胞壁及水通道蛋白相关基因
 
鉴定转录因子的目标基因对于揭示物种的调控网络非常重要。ASR1转录因子是植物界特有的,可以缓解水分缺失对植物胁迫作用, 但是其目标基因未知,本研究利用anti-ASR1抗体对干旱胁迫下番茄叶片的DNA进行富集,其后进行高通量测序,发现ASR1转录因子的目标基因包含了细胞壁合成相关基因,以及水通道蛋白合成相关基因(图1)。这一结果将为后续植物干旱胁迫的研究提供基础。
                   

图1:转录因子ASR1目标基因分析

 
 
 
 
参考文献
Martiniano M, Rodrigo M, Silin Zhong, et al. Genome-wide data (ChIP-seq) enabled identification of cell wall-related and aquaporin genes as targets of tomato ASR1, a drought stress-responsive transcription factor. BMC Plant Biol. 2014; 14: 29.

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