您还没有挑选商品!
产品订购:sales@vazyme.com  技术支持:support@vazyme.com

您现在的位置:技术服务 > 动植物全基因组重测序

 

动植物全基因组重测序

 

技术简介

     全基因组重测序是对基因组序列已知的物种进行测序,并在个体或群体水平进行全基因组水平的差异性分析,可以全面挖掘基因序列的差异和结构变异。同时,在全基因组水平上扫描并检测与生物体重要性状相关的基因位点,具有重大的科研价值和产业价值。
 

 

技术路线

 

 

主要应用

一、变异检测
   
    利用全基因组重测序技术对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析,可获得  SNP、InDel、SV、CNV等大量的遗传多态性信息,建立遗传多态性数据库,为后续揭示进化关系、功能基因挖掘等奠定基础。基于全基因组重测序技术进行变异检测,可在全基因组范围内精确检测多种变异,与传统的分子标记和芯片相比,具有周期短、密度高、检测全面、性价比高等技术优势。
 
信息分析内容:
1. 基本数据分析
2. 与参考基因组比对
3. SNP检测、注释
4. Indel检测、注释
5. SV检测、注释
6. CNV检测、注释
 
二、性状定位
 
     极端性状混池重测序分析是指针对两个具有单个极端表型差异的亲本构建家系,对子代具有极端表型差异的两个样本池进行等量混池和全基因组重测序,同时对亲本进行测序,利用集群分离分析方法( bulk segregant analysis ,BSA)快速有效地寻找与目标性状相关联的基因位点并进行注释,研究基因控制目标性状的机制。
 
信息分析内容:
1.与参考基因组比对
2.SNP检测及注释
3.SNP频率差异分析
4.目标性状相关区域定位
5.候选基因功能注释
 
三、全基因组重测序群体进化
 
     全基因组重测序群体进化分析是对已知基因组序列物种的群体进行测序,通过与参考基因组序列进行比对和在群体水平进行全基因组水平的变异检测,得到大量的 SNP、 InDel、 SV、CNV、PAV 等遗传变异信息,通过研究物种群体内的基因频率和基因型频率变化情况,结合相应的统计分析手段,讨论群体的遗传结构、遗传平衡和影响群体遗传平衡的因素,达到从分子层面揭示该物种的演化历史、进化机制以及环境适应性等系列问题。
 
信息分析内容:
1. 与参考基因组比对
2. 群体 SNP 检测、注释及统计
3. 系统进化树构建
4. 群体遗传结构分析
5. 群体主成分分析
6. 连锁不平衡分析
7. 选择消除分析
8. 候选基因 GO 和 KEGG 富集
9. 种群历史和有效群体大小
 
 

 

推荐数据量

测序深度一般推荐10X-30X

 

 

样本要求

1. 样品类型:细胞、组织或基因组DNA
2. 样品需求量:细胞≥8×106个,组织≥0.5g,DNA≥2 μg
3. 样品浓度:DNA样品≥50 ng/μl
4. 样品纯度:OD260/OD280在1.8-2.0之间,主带清晰,无降解,无污染
5. 样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用液氮冻存后,-80℃保存。DNA样品可选择干粉、乙醇、TE buffer或超纯水中的一种,-20℃保存,并在样品信息单中注明,请勿反复冻融。
 

 

项目运转周期

标准流程的运转周期约45个工作日

地 址:江苏省南京市经济技术开发区红枫科技产业园C1-2栋     电 话:400-600-9335 邮 箱:sales@vazyme.com
 
Copyright 2015 Vazyme Biotech Co.,Ltd All rights reserved 版权所有-南京诺唯赞生物科技有限公司 备案号:苏ICP备12014779号