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Discover-sc WTA Kit V2-V21.1.pdf
大小：2021-12-24 10:46:36
Discover-sc WTA Kit V2
Discover-sc WTA Kit V2
单细胞转录组测序文库构建
第一链cDNA合成， 全长cDNA扩增，产物可用于基因表达差异；融合表达，可变剪切分析
· 模板起始量低：单个细胞或10pg Total RNA即可作为起始模板，进行高效扩增
· 扩增灵敏度高：使用LNA技术及精心优化的反应体系，大幅度增加了低表达基因的检出量
· 产物完整性好：通过双端引物扩增全长cDNA，获得全转录组信息，避免了5'和3'偏好性
· 操作成功率大：大大减少了RNA样品的处理，从而较大限度避免了样品损失的风险，提高了操作成功率
· 体积兼容性广：样品兼容体积可高达5 μl，兼容不同浓度的模板进行扩增
1.模板起始量低，扩增产物cDNA完整性好
10 pg 293T细胞Total RNA用Discover-sc WTA Kit V2进行扩增，取1 μl cDNA扩增产物用Agilent 2100 Bioanalyzer进行分析。试剂盒以Oligo dT Primer为逆转录引物，并利用Discover-sc Reverse Transcriptase的Template-switching活性在cDNA的3’端添加一段接头序列，通过该接头序列进行后续的PCR扩增，获得全长cDNA扩增产物，同时避免了rRNA的污染。
2.文库质量分析—数据基本指标
Vazyme-1和Vazyme-2是单个293T细胞经过Discover-sc WTA Kit V2 进行扩增，C-1和C-2是单个293T细胞经过用C公司单细胞转录组试剂盒进行扩增，取1 ng cDNA扩增产物经TruePrep DNA Library Prep Kit V2 for Illumina构建文库。以下均为此文库数据分析。
3.基因表达总体情况分析
Discover-sc WTA Kit V2试剂盒扩增产物检测灵敏度高，单个293T细胞检测到基因数高达15000个。
4.数据分布均一，无偏好性
左图为Vazyme-1测序片段在基因上的分布结果，右图为C-1测序片段在基因上的分布结果，数据显示Discover-sc WTA Kit V2扩增很好的保证了基因5’和3’的覆盖。
5.表达重复相关性高
左图为Vazyme-1和Vazyme-2表达重复相关性分析，右图为C-1和C-2表达重复性相关性分析。数据结果表明表达重复相关性高于C公司。
Discover-sc WTA Kit V2能以1-1000个细胞或10 pg-10 ng总RNA为模板，通过第一链cDNA合成及扩增，获取足够的用于序列分析的样本，从而解决了诸如单细胞等微量样本因RNA含量过低导致的无法使用常规mRNA-seq进行测序分析的技术难题。试剂盒以Oligo dT Primer为逆转录引物进行cDNA合成，并利用Discover-sc Reverse Transcriptase的Template-switching活性在cDNA的3’端添加一段接头序列，通过该接头序列进行后续的PCR扩增，获得全长cDNA扩增产物，有效避免了cDNA合成过程中的3’偏好性和rRNA的污染。
Discover-sc WTA Kit V2是在Discover-sc WTA Kit基础上开发的升级版本，其检测灵敏度、体积兼容性均得到了大幅度提升，更加适合低丰度基因及低浓度模板的检测。
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