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Ribo-off rRNA Depletion Kit (Bacteria)

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    Ribo-off rRNA Depletion Kit ...-V21.2.pdf

    大小:
    2021-11-01 11:20:54
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3051

Ribo-off rRNA Depletion Kit (Bacteria)

Ribo-off®  rRNA Depletion Kit (Bacteria) 用于革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的rRNA去除 兼容绝大多数的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌 高达97%的rRNA去除率 完整保留mRNA与lncRNA 以上表格为1 μg不同的细菌Total RNA同时用Ribo-off® rRNA Depletion Kit (Bacteria)(Vazyme #N407)和Ribo-Zero rRNA Removal Kit (Bacteria)  (Illumina,MRZB12424)去除rRNA,并用VAHTS® Total RNA-seq (H/M/R) Library Prep Kit(Vazyme #NR603)进行后续的文库构建,可以看出N407有优异的rRNA去除效率。 Ribo-off® rRNA Depletion Kit (Bacteria)是针对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA中去除rRNA的试剂盒。本试剂盒适用于起始量模板为1-5 μg的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA,总RNA样本经过rRNA与探针杂交、RNase H消化、DNaseⅠ消化等步骤,最终将rRNA(包括16 S和23 S rRNA)从总RNA中去除,保留mRNA和其它非编码RNA,可用于LncRNA等非编码RNA的分析;该试剂盒同时适用于完整的和部分降解的RNA样本(例如FFPE RNA),所得的产物适用于RNA文库及其他实验。 -20°C保存
价格:
¥
9500.0
市场价
9500.0
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货号:
N407-01/02
所属分类
RNA建库模块
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Ribo-off®  rRNA Depletion Kit (Bacteria)

用于革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的rRNA去除

兼容绝大多数的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌

高达97%的rRNA去除率

完整保留mRNA与lncRNA

以上表格为1 μg不同的细菌Total RNA同时用Ribo-off® rRNA Depletion Kit (Bacteria)(Vazyme #N407)和Ribo-Zero rRNA Removal Kit (Bacteria)  (Illumina,MRZB12424)去除rRNA,并用VAHTS® Total RNA-seq (H/M/R) Library Prep Kit(Vazyme #NR603)进行后续的文库构建,可以看出N407有优异的rRNA去除效率。

Ribo-off® rRNA Depletion Kit (Bacteria)是针对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA中去除rRNA的试剂盒。本试剂盒适用于起始量模板为1-5 μg的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA,总RNA样本经过rRNA与探针杂交、RNase H消化、DNaseⅠ消化等步骤,最终将rRNA(包括16 S和23 S rRNA)从总RNA中去除,保留mRNA和其它非编码RNA,可用于LncRNA等非编码RNA的分析;该试剂盒同时适用于完整的和部分降解的RNA样本(例如FFPE RNA),所得的产物适用于RNA文库及其他实验。

-20°C保存

关键词:
ribo-off
rrna
rna
革兰氏
去除
kit
bacteria
阴性菌
24
阳性菌
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Q1:如果纯化产物用于文库构建,但是使用的是Nuclease-free H2O洗脱的,如何操作?

若条件允许,加入等体积2 ×Frag/Prime Buffer,之后反应体系均放大,直至做到纯化步骤,恢复体系,也可以再次使用VAHTS® RNA Clean Beads (Vazyme #N412)进行纯化,最后用Frag/Prime Buffer洗脱。

 

Q2:纯化产物可以保存多久?

纯化产物可以在-20°C保存一天,在-80°C保存一个月。

 

Q3:如果文库浓度过低,可以从哪些角度去寻找原因并如何改进?

以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度都能达到上机测序要求,如果无法提供合格的RNA样品,可尝试使用以下方法弥补:

◇起始量:提高样品起始量,最大可做到5 μg;

◇做几个重复的样品,到二链合成纯化步骤合并在一起,或做到文库扩增前合并在一起;

◇做不分选方案:94°C 8 min打断条件下RNA片段虽然偏小,但是分布会很集中,均一性也较好,有些个性化样品会出现打断不均一、某些大小的片段较多,经过PCR更明显,出现刺峰,这种情况在不分选方案中出现很少。

 

Q4:本试剂盒是否适合用于small RNA文库制备?

不适用。因为small RNA的长度仅为22 nt左右,而磁珠抓取片段最低为100 bp以上,无法有效富集到small RNA片段。

Liu Y, Fang D, Yang K, et al. Sodium dehydroacetate confers broad antibiotic tolerance by remodeling bacterial metabolism. J Hazard Mater. 2022, 432: 128645. PMID:35299107 (IF:14.224)

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