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VAHTS Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI

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VAHTS Universal V8 RNA-seq Library Prep...-V21.1.pdf

大小：

2021-08-17 14:36:52

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VAHTS Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI

快速、高检出的华大平台RNA建库试剂盒

价格：

11800.0

市场价

元

0.0

浏览量:

1000

货号：

NRM605-01/02

所属分类

RNA建库试剂盒

数量：

库存:

39996

*具体价格咨询当地业务员

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产品详情

FAQ

组分

说明书

相关文献

VAHTS Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI

快速、高检出的华大平台RNA建库试剂盒

RNA文库构建；基因表达分析；单核苷酸变异分析；可变剪切分析；融合基因检测；目标转录组分析

· 快速：简单的操作流程，使得转录组建库时间缩短至4.5 h

· 兼容：针对低质量样本，有更高的建库成功率

· 高质：基因检出率高，转录本区域的覆盖度均一

1. 不同物种、不同起始量模板

以动物（人体血液、293 T细胞），细菌（大肠杆菌），植物（拟南芥、大豆）Total RNA为模板，根据物种的不同分别选择N406（动物rRNA去除产品），N407（细菌rRNA去除产品），N408（rRNA及珠蛋白mRNA去除产品）和N409（植物rRNA去除产品）进行rRNA去除。随后参照NRM605和A公司同类型产品的建库流程进行链特异性转录组文库构建，结果显示使用Vazyme # NRM605建库相较竞品均具有明显的产量优势。

图1. 不同物种和投入量下NRM605构建的文库产量

物种	NRM605峰型
239 T
拟南芥
黄豆

图2. 不同物种在不同投入量下构建的文库峰型

2. 兼容低质量样本

以低质量FFPE样本(RIN值为2.3)为起始模板，投入量为200ng，使用VAHTS Ribo-off rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)（Vazyme，# N406）进行rRNA去除，再分别以NRM605、A、B的建库全组分按照各自的说明书进行操作，进行链特异转录组建库。结果显示：从产量上看，Vazyme# NRM605＞A＞B，Vazyme# NRM605 具有明显的产量优势。

文库产量	NRM605峰型

图3. 在不同公司产品对低质量样本建库的文库产量

3. 基因检出率高

以293T细胞 Total RNA为起始模板，分别使用VAHTS mRNA Capture Beads（Vazyme，# N401，mRNA抓取模块，Input RNA量分别为1μg/100ng/10ng）和Ribo-off rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)（Vazyme，# N406，rRNA去除模块，Input RNA量分别为1μg/100ng/10ng）进行前处理，随后使用NRM605、A公司及B公司同类产品进行链特异性转录组文库构建，经质控合格后的文库使用lllumina HiSeq X10平台进行PE150测序。对原始测序数据进行低质量读过滤，得到高质量的Clean Reads进行分析。结果显示：Vazyme# NRM605基因检出率优于其他产品。

图4. 各公司产品基因检测数

VAHTS Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI是针对MGI高通量测序平台定向开发的转录组文库构建专用试剂盒。试剂盒包含两种类型的cDNA二链合成Buffer，可根据需要选择普通转录组或链特异转录组建库。

试剂盒将二链合成、末端修复和dA-Tailing合并为一步，中间不需要纯化步骤，简化了操作流程，缩短了建库时间。优化的反应体系，提高了文库转化效率，能兼容更低起始投入量，对不同起始量的RNA都有均一的覆盖度。

本试剂盒利用磁珠分选的方式，可以快速获得特定长度的文库，能够满足不同实验的个性化需求。试剂盒包含的所有酶和缓冲液都经过了严格的质量控制和功能验证，较大程度上保证了文库构建的稳定性重复性。

-30 ~ -15℃保存，≤0℃运输。

关键词:

vahts

文库

nrm605

不同

进行

rrna

转录

去除

产品

产量

如果文库浓度过低，可以从哪些角度去寻找原因并如何改进?

答：以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度都能达到上机测序要求，如果无法提供合格的RNA样品，可尝试使用以下方法弥补：①提高样品起始量；②做几个重复的样品，到片段化步骤合并在一起，或做到文库扩增前合并在一起；③做不分选方案，94℃ 8 min打断条件下RNA片段虽然偏小，但是分布会很集中，均一性也较好。

rRNA残留较高的问题

答：注意mRNA获取方法的不同，其兼容的起始量有所不同，请选择规格范围内的起始总RNA投入。

① 使用VAHTS mRNA Capture Beads(Vazyme #N401)对mRNA富集兼容起始量为0.01-4 μg；

② 使用Ribo-off rRNA Depletion Kit(Human/Mouse/Rat)(Vazyme #N406)去除rRNA兼容的起始量为0.01- 1 μg；

③ 使用Ribo-off rRNA Depletion Kit(Bacteria)(Vazyme #N407)去除rRNA兼容的起始量为0.01-5 μg；

④ 使用Ribo-off Globin & rRNA Depletion Kit(Human/Mouse/Rat)(Vazyme #N408)兼容的起始量为0.01-1 μg；

⑤ 使用Ribo-off rRNA Depletion Kit(Plant)(Vazyme #N409)去除rRNA兼容的起始量为1-5μg。

本试剂盒是否适合用于Small RNA文库制备?

答：不适用。因为Small RNA的长度仅为22 nt左右，而本试剂盒中磁珠抓取片段最低为100 bp左右，无法有效富集到Small RNA片段。

FFPE样本是否可以用该试剂盒建库?

答：FFPE样本中的mRNA会有一定降解，完整度较差，建议与Ribo-off rRNA Depletion Kit(Human/Mouse/ Rat)(Vazyme #N406)试剂盒搭配使用，进行文库构建。

使用说明书方案进行分选，分选插入片段有偏差，为什么?

答：使用磁珠分选过程中，磁珠未平衡至室温、未混匀、移液器不准、枪头挂壁严重等均会致使磁珠加入量与规定值不一致，导致所分选的插入片段差异较大。

文库扩增最高可以使用多少循环?

答：可根据起始量来调整循环数；如果不确定，建议取1 μl进行Qubit检测后酌情再补1 - 2个循环，最多不超过19个循环。

文库进行Agilent 2100 Bioanalyzer质检，发现产生双峰，产生的原因可能有哪些?

答：① RNA有杂质残留，建库过程中发生降解，到文库扩增步骤前的有效模板量低，文库扩增时由于模板不足发生了非特异性扩增。建议将RNA样品在65℃条件下加热15 min，检测是否降解，如果确实为RNA的问题则需要重新提取RNA。

② 物种本身比较特殊，RNA打断后片段不是连续且均一的分布，做分选方案时可能分选到了两个范围的片段。

③ 文库浓度较高时使用高敏芯片检测。建议使用Agilent DNA 1000 Kit检测，或将文库稀释到适当的浓度后用Agilent DNA High Sensitivity DNA Kit检测。

关于在进行Agilent 2100 Bioanalyzer、Qubit及qPCR检测时，高产量文库出现过度扩增的解释。

答：高产量文库通常会出现不同程度的过度扩增现象。因为在文库扩增后期，通常引物被最先耗尽，大量文库片段在无法结合到引物的情况下，片段之间通过不完全匹配关系退火结合，从而形成部分双链+部分单链的杂合链，且片段更大。根据不同检测方式的对应原理，过度扩增产物在Agilent 2100 Bioanalyzer峰型中表现为upper marker之后有轻微翘尾。但以上现象均属正常，不影响文库测序和数据分析。