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NDM627 说明书V21.1.pdf
大小：2021-10-20 16:11:00
VAHTS Universal Plus DNA Library Prep Kit for MGI V2
VAHTS Universal Plus DNA Library Prep Kit for MGI V2
适配华大平台，降低“假阳性”，提高突变检出准确率
PCR、PCR-Free文库构建；全基因组测序；全外显子或其他靶向捕获测序；宏基因组测序；甲基化测序；肿瘤检测
· 降低“假阳性” ： SNV和InDel检出的假阳性大大降低，提高突变检出的准确率。
VAHTS Universal Plus DNA Library Prep Kit for MGI V2是针对MGI高通量测序平台定向开发的片段化酶法DNA文库构建试剂盒。本试剂盒针对原有版本进行了优化升级，在保持原有高性能的基础上显著降低了FFPE样本DNA文库中的Artificial Invert Chimera Reads比例，提高了SNV等检出的可靠性。本试剂盒将DNA片段化、末端修复以及末端加dA尾合并为一步，产物无需纯化，直接进行接头连接、文库富集和分选，可将100 pg - 1 μg模板DNA转换成MGI高通量测序平台专用文库。本试剂盒可兼容不同来源和不同投入量的DNA，仅需根据目标插入片段大小调整片段化时间，即可得到所需片段大小文库。试剂盒中提供的所有试剂都经过了严格的质量控制和功能验证，较大程度上保证了文库构建的稳定性和重复性。
1. 文库产量高
以鲑鱼基因组DNA为起始模板进行文库构建，投入量分别为100 pg、1 ng、100 ng、1 μg。Vazyme #NDM627与其他公司同类产品相比，文库产量基本一致
图1. 100 pg-1 μg投入量下文库产量
2. 下机数据质量好
以NA12878、FFPE样本为模板，使用外显子捕获panel（34 Mb）进行捕获，下机基本数据表现良好。
图2. 下机数据
使用外显子捕获panel构建的文库下机数据截取64.8M clean reads进行后续生信分析。Vazyme #NDM627在下机基本数据方面与其他公司产品无显著差异，Dup Rate低于其他公司产品。
3. 假阳性检出率低
图3. Soft Clip和Invert Chimera检出
Vazyme #NDM627在Soft Clip和Invert Chimera检出方面，优于部分公司同类产品，与Vazyme #NDM607基本一致。
图4. Variant检出
Vazyme #NDM627使用外显子捕获panel检出的经VEP Filter过滤后、确定为假阳的Variant数目与其他公司同类产品一致。
图5. SNP和InDel检出
以NA12878为模板，综合SNP和InDel检出的灵敏度（Sensitivity）和准确率（Precision）进行F-Measure打分，Vazyme #NDM627在SNP和InDel检出方面与其他公司同类产品一致。
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