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Ribo-off rRNA Depletion Kit V2 (Bacteria)

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  • cp

    Ribo-off rRNA Depletion Kit V2...-V21.1.pdf

    大小:
    2022-02-16 09:42:34
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Ribo-off rRNA Depletion Kit V2 (Bacteria)

价格:
¥
9500.0
市场价
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浏览量:
1000
货号:
N417-01/02
所属分类
RNA建库模块
数量:
-
+
库存:
7992
*具体价格咨询当地业务员
暂时无货
1
产品详情
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组分
说明书

Ribo-off® rRNA Depletion Kit V2 (Bacteria)

升级版革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的rRNA去除

快速与实力并存:优化体系,保证rRNA去除效率的同时流程上缩短至1h

适用范围广:物种覆盖度提升,适用物种更广泛。

Ribo-off® rRNA Depletion Kit V2 (Bacteria) 是针对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA中去除rRNA的试剂盒。总RNA样本经过rRNA与探针杂交、RNase H消化、DNase I消化等步骤,最终将rRNA(包括16S和23S rRNA)从总RNA中去除,保留mRNA以及其它非编码RNA;该试剂盒同时适用于完整的和部分降解的RNA样本 (例如FFPE RNA),得到的RNA可用于mRNA和非编码RNA (例如IncRNA)分析。

1. 不同起始量模板

以枯草芽孢杆菌为起始模板,投入量为1 μg/100 ng/10ng,分别进行不去除和使用Vazyme #N417、Vazyme #N407、A公司和B公司同类产品进行rRNA去除,随后均使用VAHTS® Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina(Vazyme #NR605)进行转录组文库构建。通过对高质量的Clean Reads进行分析。结果显示在不同投入量下,Vazyme #N417去除rRNA效率均优于N407及其他竞品试剂,并在10 ng低投入量下优势尤为显著。

图1. 不同起始量下rRNA去除情况

 

2. 物种兼容性测试

解淀粉芽孢杆菌、格式芽孢杆菌、变异链球菌等使用Vazyme #N417进行rRNA去除,随后均使用Vazyme #NR605进行转录组文库构建。通过对高质量的Clean Reads进行分析。结果显示:Vazyme #N417可兼容多物种的rRNA去除。

图2. 不同物种使用Vazyme #N417的rRNA去除情况

 

3. 复杂样本兼容性测试

以土壤提取RNA为测试样本为起始模板,分别进行不去除和使用Vazyme #N417、Vazyme #N407、A公司和B公司同类产品进行rRNA去除;使用Vazyme #NR605进行转录组文库构建,通过对得到高质量的Clean Reads进行分析。结果显示:Vazyme #N417 的rRNA残留率明显低于Vazyme #N407、A及B公司竞品,并且在已检出菌种上,rRNA残留率多低于其他公司竞品,说明Vazyme #N417能够覆盖更多菌种的rRNA去除。

*使用Silva数据库进行rRNA 残留分析,对于top 10 菌种的 rRNA残留率进行展示。

表1. 土壤样本的rRNA残留情况

 

4. 基因检出率

Vazyme #N417搭配使用VAHTS® Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina(Vazyme #NR605)中的进行转录组文库构建。在基因检出数指标上,与Vazyme #N407和B同类产品一致,优于A同类产品,保证了丰富的基因检出数。

图3. 各公司产品基因检测数

 

-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输。

未找到相应参数组,请于后台属性模板中添加

Q1.纯化产物可以如何保存?

纯化产物由于浓度较低容易降解,去除rRNA的样品应尽快进行下游实验,否则于-80 ~ -65℃保存。

 

Q2.如果纯化产物用于文库构建,但是使用的是Nuclease-free ddH2O洗脱,如何操作?

使用VAHTS Universal V6 RNA-seq Library Prep Kit for Illunima (Vazyme #NR604)时,若条件允许,加入等体积的VAHTS 2 × Frag/Prime Buffer (Vazyme #N402),之后反应体系均放大,直至做到纯化步骤,恢复体系;也可以再次使用VAHTS RNA Clean Beads (Vazyme #N412) 进行纯化,最后用Frag/Prime Buffer洗脱。

 

Q3.如果纯化产物用于文库构建,打断条件和扩增循环数怎么选择?

使用VAHTS Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for lllumina (Vazyme #NR605)进行文库构建时:打断条件建议为86℃,5 min,按照16 μl/7.5 μl分选,获得主峰为350 - 450 bp的文库。扩增循环数建议如下:

Q4.如果起始文库浓度过低,可以从哪些角度去寻找原因并如何改进?

rRNA去除后RNA的产量取决于起始RNA的质量、样品中rRNA的含量及使用的纯化方法。以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度均能达到上机测序要求,如果无法提取合格的RNA样品,可以尝试使用以下方法弥补:

① 起始量:提高样品起始量,上限1 μg;

② 做几个重复的样品,纯化步骤后合并在一起;

③ 做不分选方案:94℃,8 min打断条件下RNA片段虽然偏小,但是分布会集中,均一性也较好。

这是描述信息
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