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Hyperactive pG-MNase CUT&RUN Assay Kit for Illumina

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    2023-01-30 16:24:19
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Hyperactive pG-MNase CUT&RUN Assay Kit for Illumina

快速高效靶向切割目的片段,文库构建优质且真实。
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HD102-01
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Hyperactive pG-MNase CUT&RUN Assay Kit for Illumina

快速高效靶向切割目的片段,文库构建优质且真实。

蛋白质-DNA互作

·  操作体验好:实验流程简单,包含DNA提取模块,告别酚氯仿抽提。

·  产品性能好:转录因子、辅因子成功率高,产出更稳定,结果更真实。

·  结果更准确:含有Spike in DNA组分,校正组间差异。

Hyperactive pG-MNase CUT&RUN Assay Kit for Illumina是针对Illumina高通量测序平台定向开发的用于研究蛋白质-DNA相互作用的试剂盒。CUT&RUN(Cleavage Under Target and Release Using Nuclease)技术是一种研究蛋白质-DNA相互作用的新方法,使用Protein G融合的MNase核酸酶,在抗体引导下精准靶向目的蛋白,并在目的位点附近进行DNA的片段化切割。本试剂盒优化了实验反应体系和建库流程,与传统的ChIP-Seq相比,具有实验成功率高、抗体兼容性强、实验周期短、操作简单等优势,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。试剂盒中所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证,较大程度上保证了文库构建的稳定性和重复性。

1. 优质的文库产出

以100,000个K562细胞为样本,参照HD102实验流程对不同丰度靶蛋白进行CUT&RUN实验和文库构建。在不同组蛋白和转录因子体系中,HD102文库产出稳定,文库峰型呈现典型的Ladder状分布,HD102高效靶向切割的特性保证了优质的文库产出。

图1 HD102文库产出

 

H3K4me3

H3K27me3

CTCF

SUZ12

图2 HD102文库峰型

 

2. 高质量的下机数据

以100,000个K562细胞为样本,参照HD102实验流程对不同丰度靶蛋白进行CUT&RUN实验和文库构建。通过HD102获得的下机数据TSS富集以及IGV视图信噪比高,对目的基因位点有明显富集。

图3 HD102 TSS富集图

 

图4 HD102 Chr1 IGV全局视图

 

3. Spike in DNA校正组间差异

以5,000、10,000、100,000个293细胞为样本,参照HD102实验流程对组蛋白H3K4me3进行CUT&RUN实验和文库构建,并按照说明书推荐的Spike in DNA投入量进行校正。使用HD102建库获得的热图和Plotfile在校准前由于高低细胞投入量获得的数据量的差异,导致富集效果存在显著差异,通过Spike in DNA进行均一化校准之后,可以真实反应不同细胞投入量下的富集效果。

图5 HD102 Spike in DNA校正前后TSS富集比较

 

4. 多组学比较

以100,000个293细胞为样本进行CUT&RUN、CUT&Tag、ATAC和mRNA-seq多组学比较分析。IGV视图显示HD102在关键位点上的富集情况与ATAC和CUT&Tag技术一致,且在mRNA-seq中可以找到相应基因位点,实验结果真实可靠。

图6 多组学比较

BOX1:2 ~ 8 ℃保存,根据不同目的地调整运输方式;

BOX2:15 ~ 25 ℃保存,常温运输;

BOX3:-30 ~ -15 ℃保存,≤0℃运输。

关键词:
HD102
CUT&RUN检测
CUT&RUN试剂
蛋白质-DNA互作
核酸蛋白互作
蛋白-DNA相互作用试剂;蛋白-DNA相互作用;靶向切割目的片段;切割目的片段;高效切割目的片段;快速切割目的片段;快速靶向切割目的片段
未找到相应参数组,请于后台属性模板中添加

1. CUT&RUN适用于什么物种?

CUT&RUN Protocol广泛适用于常规哺乳动物细胞的蛋白质-DNA互作研究,酵母、植物等细胞可以经过特殊的处理来进行实验,但是细胞投入量不宜过低,较低细胞投入量下测序质量较差。

 

2. ConA磁珠主要作用是什么?

ConA磁珠经过刀豆蛋白A包被,能与细胞膜上的糖蛋白结合,从而吸附细胞,使细胞处理操作可视化,以减少在后续实验过程中细胞的损失。

 

3. CUT&RUN能否使用二抗?

进行CUT&RUN实验时通常不需要二抗,当使用亲和力较低的一抗,或靶蛋白丰度较低时,可以考虑二抗。但必须要说的是,MNase的切割活性很强,我们在CUT&RUN整个实验流程做出的努力是为了限制MNase的活性,较大程度避免非特异性切割,加入二抗会增加非特异性切割的概率,导致背景偏高,因此请慎重选择是否使用二抗。

 

4. CUT&RUN对常/异染色质的切割是否存在偏好性?

否,CUT&RUN对常染色质或异染色质无任何偏向性。在CUT&RUN中,无论是常染色质还是异染色质,靶蛋白特异性抗体募集 pG-MNase,并将切割引导至与该抗体直接相邻的染色质。在这种情况下,即使在较难接近的异染色质中,pG-MNase也能与染色质产生有效束缚并发生切割。

 

5. CUT&RUN是否只能使用Illumina平台测序?

VAHTS DNA Adapters for Illumina对应的Adapter是针对Illumina平台定向设计的,如果需要使用其他测序平台,需自行更换适配相应平台的扩增引物以及适配的Adapter。

 

6. CUT&RUN试剂盒是否可以使用双端接头?

可以,本试剂盒提供的建库试剂可以兼容单端和双端两种接头试剂,可以根据样本数量以及测序需求进行选择。单端接头推荐使用VAHTS DNA Adapters for Illumina (Vazyme #N801/N802/N805/N806/N807/N808),双端接头推荐使用VAHTS Multiplex Oligos Set 4/5 for Illumina(Vazyme #N321/N322),注意区分两种接头试剂的使用方法,并根据细胞投入量和实际DNA提取量进行接头稀释。

 

7. CUT&RUN实验时需要做阳性对照和阴性对照吗?

根据实际需求判断是否需要阳性对照和阴性对照。一般来说,阳性对照是为了排除实验环境不佳、实验操作不当、样本处理不合格等因素,通常选择丰度较高的组蛋白(如H3K4me3)或转录因子(如CTCF)作为阳性对照,阳性对照不是必需的。阴性对照的作用主要是排除非特异性切割,通常选择IgG或不加一抗作为阴性对照,但下机数据不具有实际参考价值。

 

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