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VAHTS Small RNA Library Prep Kit for Illumina V2

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    2023-02-17 10:30:53
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VAHTS Small RNA Library Prep Kit for Illumina V2

升级版small RNA文库构建试剂盒,兼容更低的样本投入量,特殊样本建库效果更好
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VAHTS Small RNA Library Prep Kit for Illumina V2

升级版small RNA文库构建试剂盒,兼容更低的样本投入量,特殊样本建库效果更好

small RNA文库构建

·  样本兼容类型广:动植物总RNA、特殊样本(血清、血浆、外泌体)RNA、FFPE总RNA、分离纯化的small RNA

·  兼容低起始量样本:10 ng-1 μg动植物总RNA,≥1 ng血清、血浆、外泌体RNA

·  特殊样本建库成功率提高:血清、血浆、外泌体RNA建库成功率提高

·  有效文库转化率高:3’接头连接效率与逆转录效率提高,提升了有效文库产出

·  下机数据质量佳:表达重复相关性好,miRNA检出种类提高

VAHTS Small RNA Library Prep Kit for Illumina V2是针对Illumina高通量测序平台定向开发的small RNA文库构建专用试剂盒,本试剂盒在原有版本的基础上进行了体系优化,提升了试剂盒的稳定性及低投入量下文库产出。本试剂盒适用于模板起始量为10 ng-1 μg的动、植物总RNA,以及≥1 ng分离纯化的血清、血浆、外泌体RNA。small RNA的3’和5’端分别连上通用接头,再经过逆转录、 PCR扩增以及PAGE胶或磁珠纯化等步骤,最终得到适用于Illumina平台的测序文库。试剂盒包含文库构建所需的所有酶和缓冲液,所有组分都经过了严格的质量控制和功能验证,较大程度上保证了文库构建的稳定性和重复性。

1. 广泛的物种兼容性与投入量兼容性

以1 μg、100 ng、10 ng动物样本(小鼠肝脏)、细胞样本(Hela细胞)、植物样本(大豆、玉米、水稻)总RNA为起始模板,参照NR811建库流程进行文库构建,使用 Qubit 检测文库浓度。

图1 不同物种和投入量下NR811文库产出浓度

结果显示,在不同物种和投入量下,NR811均能成功构建文库,且文库浓度正常,表明NR811可以兼容各种类型样本,并能兼容更低的投入量。

 

2. 特殊样本建库效果好

以6 μl血浆、血清、外泌体总RNA,及10 ng FFPE样本RNA和10 ng小鼠肝脏small RNA为起始模板,参照NR811及友商公司同类产品建库流程进行文库构建,使用 Qubit 检测文库浓度。

图2 NR811与友商公司同类产品在特殊样本上的文库产出浓度

结果显示,NR811在不同类型的特殊样本上均有更好的建库效果。

RL5 Adaptor,-85 ~ -65℃保存,干冰运输;

Filtration Column,15 ~ 25℃保存,室温运输;

其余组分,-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输。

关键词:
rna
文库
样本
nr811
small
构建
特殊
试剂盒
投入
未找到相应参数组,请于后台属性模板中添加

Q1:除Trizol裂解法提取总RNA外,能否使用离心柱法提取的总RNA作为起始模板?

A1:本试剂盒对总RNA的提取方式无特殊要求,如使用离心柱法提取试剂盒提取总RNA,请确保所使用的提取试剂盒不会损失small RNA。 

 

Q2:RT primer能否在cDNA合成步骤添加?

A2: 不能。3’接头连接完成后加入的RT primer与多余3’接头反向互补形成双链结构,可以有效阻止5’接头与3’接头连接,从而减少接头二聚体的形成;另外,RT primer与已连上3’接头的RNA底物方向互补可作为逆转录步骤的引物,因此RT primer必须在3’接头连接完成之后添加,不能在cDNA合成步骤才添加。

 

Q3:低于检测下限的血浆、血清、外泌体RNA如何计算投入量?

A3: 若提取产物低于Qubit检测下限,推荐直接投入6 μl。

 

Q4:血浆、血清、外泌体RNA投入6 μl建库,接头如何稀释,扩增循环数如何选择?

A4: 推荐按照10 ng 总RNA投入的接头稀释倍数和扩增循环数进行反应,可根据实验结果进行调整。

 

Q5:RL5 Adaptor 可以放-20℃储存吗?

A5: RL5 Adaptor是RNA接头,若短期内能够使用完试剂盒可以暂放-20℃储存,若使用时间较久应于-80℃储存,防止RL5 Adaptor降解导致文库产出低。

 

Q6:3’接头连接过程中,分装13 μl连接mix时可以用涡旋仪代替移液枪吹打混匀吗?

A6: 不可以。因为RL3 Buffer V2和RL3 Enzyme mix V2比较粘稠,用涡旋仪无法彻底混匀,可能导致文库重复性差。

 

Q7:可以用琼脂糖凝胶或者蛋白胶代替非变性PAGE胶吗?

A7: 不可以。因为琼脂糖凝胶电泳较聚丙烯酰胺电泳的分辨率低,条带不能分开,影响后续割胶;蛋白胶和核酸胶中的缓冲Buffer不同,DNA电泳靠DNA骨架本身的负电荷,蛋白质电泳靠与蛋白质结合的SDS上所携带的负电荷。

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