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Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina

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    TD711说明书 V23.2.pdf

    大小:
    2023-06-07 16:01:37
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Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina

针对Illumina高通量测序平台定向开发的用于研究染色质可及性/开放性的试剂盒
价格:
¥
3600.0
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货号:
TD711-01/02
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-
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Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina

“简”流程与“优”数据的ATAC-seq试剂盒

·  样本起始量更广:兼容100-100,000个细胞投入量

·  下机数据更优:TSS富集良好且IGV视图信噪比高

Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina是针对Illumina高通量测序平台定向开发的用于研究染色质可及性/开放性的试剂盒。ATAC-Seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。其原理是利用转座酶Tn5可切割开放染色质区域的特性,对Tn5酶捕获到的开放染色质区域DNA序列进行测序。本试剂盒优化了实验反应体系和建库流程,与传统的技术相比,具有细胞投入量兼容范围广、实验周期短、信噪比高、应用范围广等优势,尤其适用于肿瘤疾病、生物发育、衰老等表观遗传学研究。

1. 样本起始量更广

参照Vazyme #TD711实验流程对不同细胞投入量(100-100,000个)的Hela细胞进行ATAC文库构建,不同细胞投入量下的扩增循环数如表1。结果表明:在不同细胞投入量下,TD711文库产出稳定,文库峰型呈现典型的Ladder状分布。Vazyme #TD711从试剂到流程均进行了优化,从而保证了优良的文库产出和峰型

表1. 不同细胞投入量下的扩增循环数

细胞投入量(个)

100

500

5,000

10,000

50,000

100,000

扩增循环数(cycles)

21

20

16

15

14

12

 

图1. 不同细胞投入量下的文库产出

 

 

细胞投入量(个)

100

500

2100峰图

细胞投入量(个)

5,000

10,000

2100峰图
细胞投入量(个)

50,000

100,000

2100峰图

图2. 不同细胞投入量下的文库峰型

 

2. 下机数据更优

将参照Vazyme #TD711实验流程得到的文库进行测序,下机后各样本截取10 G数据量进行生信分析,结果表明:TSS富集图显示在基因的转录起始位点周围富集明显;IGV视图显示ATAC在关键位点上的富集情况与CUT&Tag和CUT&RUN一致,且在mRNA-seq中可以找到相应基因位点,实验结果真实可靠。

图3. 不同细胞投入量下的TSS视图

 

注:CUT&Tag和CUT&RUN技术采用的靶点为H3K4me3。

图4. 不同细胞投入量下的IGV视图

BOX 1:1% Digitonin -30 ~ -15℃保存,室温(15 ~ 25℃)下可保存1周,其余组分-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输。

BOX 2:2 ~ 8℃保存,根据不同目的地调整运输方式。

关键词:
文库
染色质
TD711
ATAC-seq
TD711-00
未找到相应参数组,请于后台属性模板中添加

1、如何增加ATAC文库的TSS富集程度?

ATAC文库的下机数据TSS一般富集较好。当TSS富集效果不好时,通常是由于实验样本中存在较多死亡或活性差的细胞(包含大量的脱落化DNA)或游离DNA。使用DNAse I对样本进行预处理可预防这些问题。

 

2、如何减少ATAC文库的线粒体reads?

通常是由于在细胞漂洗时未能吸出所有的上清液(其中包含mtDNA)。应吸尽上清,同时注意不要影响到细胞核。

 

3、ATAC文库产量低的原因?

通常是由于实验过程中细胞核部分丢失。细胞核离心后在EP管中几乎不可见,弃去上清液时容易造成丢失。故在离心时,应将EP管统一方向并标记细胞沉积位置,在沉淀对立面轻轻弃去上清,在实验操作过程中避免剧烈涡旋振荡。

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