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    SC101(单页版说明书)V23.1.pdf

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    2023-09-05 17:00:21
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Discover-sc Single Cell WGA Kit V2

均一性好,稳定性优的单细胞基因组扩增试剂盒
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Discover-sc Single Cell WGA Kit V2

均一性好,稳定性优的单细胞基因组扩增试剂盒

单细胞或微量样本全基因组无差别扩增;全基因组和外显子测序;qPCR分析;基因芯片分析;胚胎植入前遗传学检测等

Discover-sc Single Cell WGA Kit V2使用基于MDA的等温扩增体系,可以以单个细胞或者微量样本为模板实现全基因组的无差别扩增。单细胞基因组经扩增后可达到95%以上的覆盖度,扩增产物大小在2 - 100 kb之间,平均产物长度大于15 kb,可广泛适用于全基因组和外显子测序、大片段拷贝数变异分析、微卫星分析、qPCR分析、基因芯片分析。

本试剂盒使用的Phi29 DNA聚合酶是从噬菌体中克隆的DNA聚合酶,具有很强的链置换活性,可以实现复杂结构的DNA解链与复制;同时Phi29 DNA聚合酶具有很强的链亲合力,单次聚合反应可以实现长达100 kb的连续聚合延伸,其扩增产物适用于几乎所有的下游应用;与基于PCR的方法相比,Phi29 DNA聚合酶具有很强的3' - 5'的外切酶活性,其保真度是Taq酶的1,000倍,从而保证了DNA合成的高保真性。

  • 均一性优:定向进化的Phi29酶,扩增更均一
  • 覆盖度高:扩增后可达到95%以上的覆盖度

以PBMC(5-6个)、人gDNA(1 ng)为模板,使用Vazyme #SC101、Vazyme #N603以及其他同类型产品进行扩增,使用Vazyme #TD502对扩增产物进行文库构建。采用PE150测序策略,一共测2G数据量;截取0.5 M reads,以600 kb作为bins,进行PGS流程分析。

下机数据结果显示:Vazyme #SC101的SD值均显著低于N603及其他同类型产品;散点分布图显示,reads在基因组各部位分布得比较均匀,表明Vazyme #SC101扩增均一性好,可用于大片段拷贝数变异分析。

图1 SC101及其他同类型产品的SD_original比对

图2 全基因组拷贝数分布图

-30 ~ -15℃保存,干冰运输。如需更长期则-85 ~ -65℃保存 ,干冰运输。

 

关键词:
SC10101
SC10102
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Q1:扩增产物是否可以进行三代测序?

A1:可以,扩增产物片段平均15kb,可以进行三代测序。

Q2: Phi29酶的孵育时间是否可延长/缩短?

A2: 不建议更改扩增时间,延长或缩短时间会影响扩增均一性。

Q3:阴性对照有一定的产出,但下游检测结果为阴性(如qPCR):

A3:无模板的阴性对照反应中,由引物的随机聚合延伸产生的DNA产物,这种产物不影响目的产物的质量及下游分析。

Q4: 阴性对照扩增产生7.5 - 20 μg DNA,且下游检测结果为阳性(如qPCR):

A4: 可能存在交叉污染,由于Phi29酶的高灵敏度,可以对微量DNA进行扩增,建议替换掉所有可能被DNA污染的试剂及用品。

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