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VAHTS Universal V10 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina

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    NR606(单页版说明书) V23.1.pdf

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    2023-09-22 15:58:06
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VAHTS Universal V10 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina

高产高质,适配自动化!NR606让您的转录组研究更高效!
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NR606-01/02
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VAHTS Universal V10 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina

高产高质,适配自动化!NR606让您的转录组研究更高效!

RNA文库构建;基因表达分析;单核苷酸变异分析;可变剪切分析;融合基因检测;目标转录组分析

文库产出高:全流程效率升级(逆转录效率、核酸修复效率、接头连接效率、文库扩增效率),可兼容多物种

测序质量好:下机数据好,mRNA占比高

适配自动化:VNL-96P建库成功率高

VAHTS Universal V10 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina是针对Illumina高通量测序平台定向开发的转录组文库构建专用试剂盒。试剂盒包含两种类型的cDNA二链合成Buffer,可根据需要选择普通转录组和链特异转录组建库。试剂盒将二链合成、末端修复和dA-Tailing合并为一步,中间不需要纯化步骤,简化了操作流程,缩短了建库时间。优化的反应体系,提高了文库转化效率,能兼容更低起始投入量,对不同起始量的RNA都有均一的覆盖度。

通过对建库过程中各个酶的定向进化与全流程体系的优化,本产品在文库产出、测序质量以及适配性上均得到了显著提升。

1. 文库产出高

以10个物种RNA为模板进行mRNA-seq,相同建库条件下,Vazyme #N403搭配Vazyme#NR606建库产出稳定高于上一代产品Vazyme#NR605。

 

2. 测序质量好

以10个物种RNA为模板进行mRNA-seq,相同建库条件下,Vazyme #N403搭配Vazyme #NR606下机数据基因检出数与上一代产品Vazyme#NR605基本一致,mRNA占比稳定高于上一代产品Vazyme#NR605。

3. 适配自动化

以293RNA为模板,分别使用手动、自动 (VNL-96P)进行mRNA-seq建库,手动自动建库文库主峰大小一致,产量无明显差异。

 

-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输。

未找到相应参数组,请于后台属性模板中添加

1. 如果文库浓度过低,可以从哪些角度去寻找原因并如何改进?

以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度都能达到上机测序要求,如果无法提供合格的RNA样品,可尝试使用以下方法弥补:

(1)起始量:提高样品起始量;

(2)做几个重复的样品,到片段化步骤合并在一起,或做到PCR前合并在一起;

(3)做不分选方案:94℃ 8 min打断条件下RNA片段虽然偏小,但是分布会很集中,均一性也较好。

 

2. rRNA残留较高的问题

(1)注意mRNA获取方法的不同,其兼容的起始量有所不同,请选择规格范围内的起始总RNA投入。

(2)注意Input RNA的物种与rRNA去除试剂盒是否兼容。

 

3. 文库定量常见问题

文库定量有两种方式:Qubit和qPCR分别测定文库质量浓度和文库摩尔浓度。其中由于qPCR利用成簇反应引物进行扩增定量,较为真实的反映出文库中可用于上机测序的DNA片段的数量,所以qPCR得到的文库定量结果较为可信。在qPCR过程单链能够被有效测定,而在Qubit测定时,单链部分不计入有效浓度,因此表现为Qubit测定浓度低于qPCR定量浓度约10% - 50%。一般可同时使用两种方式定量文库,相互校正试剂盒

 

4. 是否适合用于Small RNA文库制备?

不适用。因为Small RNA的长度仅为22 nt左右,而本试剂盒中磁珠抓取片段为100bp以上,无法有效富集到Small RNA片段。

 

5. FFPE样本是否可以用该试剂盒建库?

FFPE样本中的mRNA会有一定降解,完整度较差,建议与Ribo-off rRNA Depletion Kit(Human/ Mouse/Rat)(Vazyme #N406)试剂盒搭配使用,进行文库构建。

 

6. 使用说明书方案进行分选,分选插入片段有偏差,为什么?

使用磁珠分选过程中,磁珠未平衡至室温、未混匀、移液器不准、枪头挂壁严重等均会致使磁珠加入量与不一致,致所分选插入片段差异较大。

 

7. 文库扩增可以使用多少循环?

可根据起始量调整循环数;如果不确定,建议取1μl进行Qubit检测后酌情再1-2个循环,建议超过19个循环。

 

8. 文库进行Agilent 2100 Bioanalyzer质检,发现产生双峰,产生的原因可能有哪些?

(1)RNA有杂质残留,建库过程中发生降解,到PCR步骤前的有效模板量低,PCR时由于模板不足发生了非特异性扩增。建议将RNA样品在65℃条件下加热15min,检测是否降解,如果确实为RNA的问题则需要重新提取RNA。

(2)物种本身比较特殊,RNA打断后片段不是连续且均一的分布,做分选方案时可能分选到了两个范围的片段。

(3)文库浓度较高时使用高敏芯片检测。建议使用Agilent DNA1000 Kit检测,或将文库稀释到适当的浓度后用Agilent DNA HS Kit检测。

 

9. 关于在进行Agilent 2100 Bioanalyzer、Qubit及qPCR检测时,高产量文库出现过度扩增的解释。

高产量文库通常会出现不同程度的过度扩增现象。因为在文库扩增后期,通常引物被先耗尽, 大量文库片段在无法结合到引物的情况下,片段之间通过不完全匹配关系退火结合,从而形成部分双链+部分单链的杂合链,且片段更大。根据不同检测方式的对应原理,过度扩增产物在Agilent 2100 Bioanalyzer峰型中表现为upper marker之后有轻微翘尾。但以上现象均属正常,不影响文库测序和数据分析。

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